প্রতিষ্ঠানটি গাইবান্ধা জেলাস্থ পলাশবাড়ী উপজেলার অন্তর্গত 2নং হোসেনপুর ইউনিয়নের লক্ষিপুর গ্রামে অবস্থান। এ গ্রামের বসবাসকারী অনগ্রসমান জনসাধারণের ধর্মীয় ও অসাম্প্রদায়িক শিক্ষায় শিক্ষিত করার মাধ্যমে আদর্শ জাতি গঠণের লক্ষে লক্ষিপুর গ্রামসহ আশপাশের এলাকার বিশিষ্টি আলেমে দ্বীন ও শিক্ষানুরাগী বিভিন্ন ব্যক্তির ১৯57 খ্রী: সালের ১লা জানুয়ারি প্রতিষ্ঠা করেন মেরীরহাট ফাজিল  মাদ্রাসা। নানা বাধা বিপত্তি ও প্রতিবন্ধকতা উপেক্ষা করে, অত্র এলাকার কতিপয় মহৎ ও ধর্মীয় ভাব ধারায় নিবেদিত প্রাণ ব্যক্তির শারিরীক, মানসিক ও আর্থিক সাহায্য সহযোগীতার মাধ্যমে এ মহৎ কাজটি করতে সক্ষম হয়েছে। অত্র মাদরাসা প্রতিষ্ঠাকালীন সময়ে বেড়া দ্বারা নির্মাণ করে প্রথমে দাখিল শ্রেণি পর্যন্ত পাঠদান করা হতো। পরে এটিকে পর্যায়ক্রমে ও আলিম ও ফাজিল মাদ্রাসায় রূপান্তুর করা হয়। এ প্রতিষ্ঠানটি দাখিল মাদরাসা হিসেবে স্বীকৃতি লাভ করে 01-০1-১৯59 খ্রী: সনে, আলিম স্বীকৃতি লাভ করে ০১-০১-১৯78 খ্রী: সনে এবং ফাজিল এর স্বীকৃতি হয় ০১-06-১৯৮5 খ্রী: সন।

এ মাদরাসায় প্রতিষ্ঠাকালীন থেকে অধ্যক্ষ হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছেন যারা

জনাব, অধ্যক্ষ

জনাব, অধ্যক্ষ এ.কে.এম নজরুল ইসলাম

জনাব, অধ্যক্ষ (ভারপ্রাপ্ত) মো. সিরাজুল ইসলাম

জনাব, অধ্যক্ষ (ভারপ্রাপ্ত) মো. জাহিদুর রহমান (চলমান)